Uno de los objetivos del Aviario es el quehacer investigativo, en el que se incluye la reproducción en cautiverio de especies amenazadas principalmente, para lo cual se pretenden establecer alianzas institucionales y trabajar aspectos asociativos con las autoridades ambientales.
De esta manera, se han planteado proyectos de conservación tanto en cautiverio como en el medio natural.
Algunos de los proyectos en los que se vienen trabajando son:
